מגלשות מיקרוסקופ משמשות לרוב בשילוב עם שקופיות מיקרוסקופ, שהן מגלשות זכוכית דקות יותר עליהן להחזיק מגלשות זכוכית מיקרוסקופ. בשלב המיקרוסקופ למימוש שקופיות למיקרוסקופ, למדויק, מרוחק (למשל בפעולה אוטומטית/מחשב או במקומות נעים) זיהום או חפצים שלב דיוק נמוך בשלב המיקרוסקופ, השתמש באצבעות שלא יתאימו). הרכבה של הדגימה על שקופיות למיקרוסקופ הם לרוב המפתח לתצפית מוצלחת. בעיה זו זכה לתשומת לב רבה בשתי המאות האחרונות והיא שדה מפותח עם הרבה טכניקות מתמחות ולעיתים מורכבות מאוד. דגימות מוחזקות בדרך כלל במקום באמצעות מיקרוסקופ מחליק כיסוי קטן יותר. הפונקציה העיקרית של מכסה הכיסוי היא לשטח דגימות מוצקות ולעצב דגימות נוזל לשכבות שטוחות בעובי אחיד. זה הכרחי מכיוון שהמוקד של מיקרוסקופ ברזולוציה גבוהה הוא צר מאוד. לשקופיות למיקרוסקופ יש בדרך כלל מספר פונקציות אחרות. הוא מחזיק את הדגימה במקום (לפי משקל הכיסוי, או במקרה של הר רטוב, על ידי מתח פני השטח) ומגן על הדגימה מפני אבק ומגע מקרי. זה מגן על מטרת המיקרוסקופ מפני המדגם ולהיפך; במיקרוסקופי טבילה של שמן או במים, המיקרוסקופ מכסה זכוכית מונע את נוזל הטבילה לבוא במגע עם הדגימה. ניתן להדביק כיסויי כיסוי לשקופיות כדי לאטום את הדגימה, למנוע התייבשות וחמצון של הדגימה וגם למנוע זיהום. חומרי איטום רבים נמצאים בשימוש, כולל חומרי איטום מסחריים, תכשירי מעבדה ואפילו לק ברורים רגילים, תלוי במדגם. איטום נטול ממס שניתן להשתמש בו בדגימות תאים חיים הוא "Valap", תערובת של חלקים שווים פטרולטום, לנולין ופרפין. ניתן לגדל ישירות על מיקרואורגניזמים ותרביות תאים ישירות על תלוש כיסוי מיקרוסקופ לפני שמניחים על שקופיות, וניתן להתקין דגימות על כיסוי שקופיות מיקרוסקופ במקום שקופיות למיקרוסקופ.